追完《交锋》的前几集，令人惊讶的是这部剧并未遵循传统谍战剧的老套路，没有一开始就揭示正反双方的全部底牌，也没有靠夸张的爆炸和枪战来制造紧张气氛。反转隐藏在人际关系的细微间，随着剧情的发展，越发令人回味不已。故事开局便给观众一个震撼的冲击。吴越饰演的蒋在珍，起初似乎是潜伏在香港的敌方高级特工，随后身份急转弯——她不仅身为台湾军情局的副处长，还是埋伏在对方系统中的内线，潜伏数十年。在她发现墙缝中的窃听器的那一瞬间，行动骤然停滞，她没有呼喊，也没有慌忙销毁证据，而是背上包果断赶往机场，甚至在路上换上不同的衣物，借助路人制造出离开现场的假象，显露出她深厚的反侦察意识。

国安方面反应迅速，魏广进立即带着马憩前往香港，打算将蒋在珍安全带回。但出乎意料的是，她最终却是死于一杯不起眼的水中。飞机上的乘务员递来的清水中早已藏有氰化钾，蒋在珍紧绷的神经稍微松懈，便悄然无息地在座位上停止了呼吸。下令动手的正是她的老部下朱应甲。蒋在珍一死，双方数十年建立的情报体系出现了真空，朱应甲顺势接管了所有权力，将他最看好的间谍林看山派入内地。这个代号为“北风”的男人外表温文尔雅，他以港商的身份逐渐建立起全新的间谍网络。与此同时，国安系统也招募了一批刚毕业的年轻警员，其中彭昱畅饰演的何春晓对追踪和数据分析充满热情，与老侦查员的实战经验形成了互补。

林看山的渗透手段极其隐蔽，并不依赖威逼，反而是充分抓住对方的弱点。固体火箭专家曹了平在出国参会时，林看山没有直接威胁他，而是细致摸透对方的需求，从给予金钱、制造另一位同事的麻烦开始，逐渐将曹拖入泥潭，直到他意识到危险时，已然深陷其中。与此同时，马憩在海关潜伏半年，最终挖出频繁往返两岸的杨世文，没有轰轰烈烈的审讯，他只需揭露杨世文的同性恋身份，用性病就医记录和丑闻相威胁，成功策反。杨世文交出的情报显示将有一位左撇子摄影师入境，而这一切不过是朱应甲设下的烟雾弹。

真正让故事的情境更加深沉的，是秋天这个角色。她是林看山培养出来的年轻间谍，家境贫困，从小过得十分艰难，林看山善于利用她在生存边缘的脆弱。一开始，他只是偶尔送她饮料、解决一些生活困扰，渐渐地，她习惯了依赖林的照顾，直到成了他的情人。林看山还为她开了一家小书店，她作为安静的店主，完全可以隐匿自己的身份。何春晓在此时走进书店。作为新入职的年轻技术人员，第一次见到秋天时，他根本无法想象她竟然是林看山在城市中的暗桩。他对她产生好感，常常光顾店铺，随着接触深入，疑点逐渐显露，他开始察觉她的真实身份，甚至想要帮助她，但此时的秋天已被林看山牢牢绑住。

与此同时，锦兰是马憩亲自带出来的弟子，心思缜密，能从监听中捕捉到细微的变化。她和何春晓之间的感情则一直克制。两人虽然在破案过程中有过合作，但锦兰始终暗恋着何春晓，并曾因执行任务需要求婚对方，而当被拒绝后只好找其他人合作。他们之间始终隔着一层薄纱，尽管彼此心意相通，却都没敢言明。

所有的遗憾与悲剧最终都回到了秋天身上。林看山心中虽然对秋天有情，但他更看重利用与算计。他发现秋天与何春晓的距离越来越近，心生警惕，最终选择了杀戮。在她的死后，秋天早已在书店的暗处留下了线索，这些细微的痕迹成为了指控林看山的有力证据。她用自己的生命为何春晓指明了寻找“北风”的路。自林看山潜入内地以来，短短时间内发生的解码器泄密案，让马憩带领何春晓和锦兰，用了整整二十年的时间来深挖这条跨越二十年的间谍网络。何春晓依靠自己的技术，在废弃的论坛上找到了“北风”留下的蛛丝马迹，连接起两代国安人的努力。